Der FC Muri wurde im Jahre 1950 auch dank einer Spende des Metallbauunternehmers Wild gegründet. An der Gründungsversammlung schrieben sich 58 aktive und 3 passive Mitglieder ein. Rund 20 Wochen später fand die Einweihung statt. Danach begann vor der vollbesetzten Otto-Wild Stiftung-Holztribüne das Vorspiel zwischen dem FC Muri und den Young Fellows Senioren (Fussballer ab 32 Jahren).

In den folgenden Jahren stieg die erste Mannschaft von der 5. bis in die 2. Liga auf. Im Jahr 1985 stieg sie in die erste Liga auf. Dort blieb sie bis im Jahre 1990. Die zweite Mannschaft stieg bis in die 2. Liga auf, doch als die erste Mannschaft abstieg, musste sie zwangsrelegiert werden. Bis Ende der 70-Jahre konnten Kinder erst ab dem C-Juniorenalter, also ab 13 Jahren, im FC Muri Fussball spielen.

Ende 1986 gab es eine Abstimmung, ob die Gemeinde den Betrag von 2,95 Millionen Franken zahlen würde, um so den Bau der drei neuen Spielfelder zu ermöglichen. Es wurde mit 258 Ja- zu 25 Nein-Stimmen klar angenommen.

Für die Kosten von 450.000 Franken für die neue Tribüne mit 350 Sitzplätzen musste der FC Muri selbst aufkommen. Unterstützt durch das Murianer Bauunternehmen Pius Weiss + CO leisteten die Mitglieder des FC Muri in ihrer Freizeit über 1000 Arbeitsstunden für den Verein. Durch Aktionen zur Geldbeschaffung gelang es dem Verein schuldenfrei zu bleiben. Im Jahr 1989 wurde die neue Sportanlage Brühl eröffnet. In der Einweihungsfeier spielte GC gegen Admira Wacker vor 1800 Zuschauern.

1992 stieg Muri wieder in die erste Liga auf, wo sie 7 Saisons verblieb. Im Jahr 1992 gründete der FC Muri eine Damenmannschaft. 2008 waren es deren 4. 1999 stieg die 1.Mannschaft wieder ab. Auf die nächste Spielzeit hin wurde die 2. Liga Interregional in Betrieb genommen, eine Liga zwischen 1. und 2. Liga, in diese der FC Muri dann aufstieg. Von der 2. Liga Interregional stieg Muri 2001 noch mal ab, um gleich wieder aufzusteigen. 2008 stiegen sie wieder in die 2. Liga ab.

In der Saison 2011/2012 stieg der FC Muri wieder in die höchste Amateurliga (1. Liga Gruppe 3) auf. In einem fulminanten Saisonfinale gegen den FC Sursee vor 1'400 Zuschauer im Stadion Brühl wurde der Aufstieg Tatsache. Das Endresultat von 1-1 sollte reichen.

2017 - Abstieg in die 2. Liga Interregional: Nach einer soliden Vorrunde und einigen Punkten Vorsprung auf einen Abstiegsplatz scheint ein Ligaerhalt möglich. In der Rückrunde passt dann aber gar nichts mehr zusammen – Trainer Carmine Pascariello wird vorzeitig entlassen, aber auch Notnagel Rene Van Eck kann die Mannschaft nicht retten und der Abstieg ist schon im vorletzten Spiel in Buochs Tatsache. Immerhin, im letzten Spiel gegen Kantonsrivale Baden gewinnt der FC Muri sein einziges Rückrundenspiel völlig verdient und vermasselt dem FC Baden so die Teilnahme an den Aufstiegsspielen.