Der Museumsverein Wetzikon wurde im Oktober 2010 gegründet. Anlässlich der Gründung erhielt der Verein von der Antiquarischen Gesellschaft Wetzikon die ganze Sammlung geschenkt. Diese Sammlung, welche im Verlauf von rund 120 Jahren zusammen getragen wurde, bildet die Grundlage für die Ausstellungen im Museum.

Der Museumsverein ist seit dem 1. Juni 2011 für den gesamten Betrieb des Museum Wetzikon verantwortlich. Eine Leistungsvereinbarung regelt das Verhältnis zwischen der Stadt Wetzikon und dem Verein.

Gemäss dieser Leistungsvereinbarung beinhaltet die Vereinstätigkeit folgende Schwerpunkte:

Betreuung der Dauerausstellung, Organisation von periodischen thematischen Wechselausstellungen, Museumspädagogik, Betreuung und Pflege der Sammlung. Finanziert werden diese Leistungen durch eine pauschale Abgeltung durch die Stadt Wetzikon, den Mitgliederbeiträgen, sowie den Entschädigungen für Führungen und Workshops.

Mitglied des Vereins kann jedermann/frau werden. Die Mitglieder werden zu den Veranstaltungen im Museum eingeladen.