Die Organisation des Allschwiler Klausenlaufs wird von einem rund zehnköpfigen Organisationskomitee (Verein Klausenlauf) übernommen, das sich aus den Trägervereinen Velo-Club Allschwil, Volleyball-Club Allschwil, Montibeux-Club Basel und der Guggemuusig KanniBâle zusammensetzt. Zur Gewährleistung eines reibungslosen Ablaufs wird das Organisationskomitee von rund 150 engagierten Helferinnen und Helfern aus den vier Trägervereinen unterstützt.